O seu pai, ferroviário, maestro e compositor, depressa influenciou os filhos para o campo da música. Formando um grupo de cordas com os mais velhos, divulgou a sua música, através de concertos nos mais diversos auditórios.

Tinha três anos quando a família fixou residência em Aljustrel, terra mineira. Entre Aljustrel e Beja passou toda uma série de vivências, que marcaram a sua juventude. Como estudante, foi aluno de história de JOSÉ AFONSO, quando da sua passagem, como professor, pelo Externato D. Filipa de Vilhena, em Aljustrel, com quem aprendeu a reconhecer uma outra forma de estar na música, através das baladas, das canções e dos fados de Coimbra, que o José Afonso ia cantando, compondo e improvisando nos momentos de convívio.

Mais tarde, foi a mudança de residência para o Barreiro, o Liceu, a Faculdade de Letras e...a tropa, com passagem por Angola .

Em Angola organizou e participou em vários espectáculos, cantando temas de José Afonso , de Adriano Correia de Oliveira, de Luís Cília e de sua autoria, tocando a viola que sempre o acompanhou.

Ainda em Aljustrel, Francisco Naia estudou piano e canto com a Professora Ema Romana. No Barreiro continuou com a professora Maria Virgínia Figueira e, mais tarde, estudou canto e colocação de voz com o Maestro Cantor Amador Cortez Medina.

No Barreiro, enquanto estudante, formou com um colega - Pedro Figueira - um duo designado inicialmente por Duo 2SO4H2, mas, posteriormente alterado para Duo Xácara, cujo repertório era essencialmente formado por canções populares alentejanas e baladas de Coimbra. Actuaram em liceus, colectividades e, até, em serões para trabalhadores da F.N.A.T. , com transmissão em directo para todo o país através da Emissora Nacional.

Como solista, iniciou-se no canto com canções napolitanas, música de filmes, música tradicional , baladas e fados de Coimbra.

Em l969, após regresso do serviço militar e reingresso na Universidade – Faculdade de Letras – reencontra José Afonso e integra-se num grupo de diversos cantores, músicos e poetas, cujas criações e obras - dotadas de um profundo sentimento de protesto contra o regime, contra a guerra colonial e de denúncia da grande injustiça social, então reinante - procuravam divulgar por tudo o que era sítio (destaca, para além do Zeca, o Adriano Correia de Oliveira, Francisco Fanhais, Luís Cília,Denis Cintra, António Pedro Braga, Pedro, Vieira da Silva, Manuel Freire, José Carlos Vasconcelos, Joaquim Pessoa José Fanha, Pedrosa, António Macedo, Mário Viegas, José Jorge Letria, Ernesto César, Samuel , Nuno Filipe, José Manuel Osório, Teresa Paula Brito, Maria Teresa Horta, Pedro Barroso, Fausto, José Barata Moura, Rita Olivais, Rui Mingas, Márinho, Fernando Laranjeira, Mário Piçarra, Carlos Alberto Moniz , Sérgio Godinho; José Mário Branco, Pedro Osório, Jorge Palma, Caldeira Cabral, Fernando Alvim, António Pinheiro da Silva (Tó), etc.)

Francisco Naia grava então o seu primeiro disco – Barco Novo – para a editora RCA/Telectra ( EP – 1969 ) – "Também Francisco Naia se revela, com o disco Barco Novo, de imediato proibido pela censura". Passa pelo programa Zip-Zip, onde a maioria dos temas apresentados foram censurados ou cortadas partes de poemas.

O tema central deste disco ( tratava da chegada de um barco de tropas, trazendo soldados regressados da guerra em Angola, uns vivos, outros mortos "recolhidos nos porões" ). Foi considerado um dos melhores discos editados daquela altura.

Seguem-se espectáculos um pouco por todo o lado , nomeadamente em Escolas, Universidades ( associações de estudantes), Associações sindicais e operárias colectividades diversas , etc.

Edita então, ainda para a RCA, os seguintes trabalhos Canção da solidão ( single – 1970 ); Amigo João (EP – 1970 ); Lá em casa somos três (single – l970); Canto Suão ( EP – 1970 ); Ò moças Façam arquinhos ( single – 1971/72 ), tema muito divulgado e de grande aceitação popular; Porque teimas em voar ( EP – 1972 ) ; Resolvi subir a montanha ( single – 1972 ).

Entretanto, ainda em 1972, assina contrato com a Editora IMAVOX , editora ligada ao Rádio Clube Português, onde grava o seu primeiro L.P, designado por Cantos Livres, Contos Velhos, ( L. P. – 1973 ) e os singles Amigo, meu amigo ( single – l973); Barquinha vai, Barquinha vem ( single – 1974).

Com a Revolução do 25 de Abril, Francisco Naia vê os seus discos serem divulgados pelas estações emissoras, com destaque para "Amigo ,meu amigo", tema que se tornou muito popularizado.

Desde 1975 faz parceria com o músico e compositor João Pimentel, que o acompanha em guitarra clássica.

Compôs musica sobre poemas de Joaquim Pessoa para a peça "Felizmente há luar" de stau Monteiro, representada pelo TEB (Teatro de Ensaio do Barreiro) em estreia nacional.

Segue-se toda uma série de espectáculos e intervenções por quase todo o país, em alguns países da Europa e no Canadá.

Já na Editora SASSETI, grava o L.P. "CÁ PRÁ GENTE" ( L.P.- 1979 ) com orquestrações de Pedro Osório e de Jorge Palma, cuja temática é a de homenagear toda uma série de figuras populares que o cantor conheceu ou contactou no seu dia a dia.

Este trabalho tem, como vertente principal do seu conteúdo, a ligação do cantor ao Alentejo, à terra, à saudade e à fraternidade dos alentejanos.

O disco , com alguns acidentes de percurso, que atrasaram a sua saída, foi considerado pela imprensa especializada como um dos melhores trabalhos saídos em 1979 e o teledisco respectivo (RTP) – "O chefe" – teve boas referências.

Do L.P. destacaram-se os temas "Neste Campo" , "O Chefe Tonicher", "Tia Inês", "Maria da Picareta" , "Cantilena do Rapaz Solteiro", "A Xaranga do Zaranza" etc.

Divulgado o disco no Canadá, Naia efectuou um período de concertos em Toronto e Montreal, com programas na rádio e na Televisão.

Em 1980 participa no primeiro Festival da Canção de Lisboa, no Castelo de S. Jorge, transmitido em directo pela RTP, com a canção "De Lisboa em Lisboa", com letra da Hélia Correia e música de Afonso Dias. Nesse mesmo ano gravou um single. Ainda na SassetI , "Canção de Lisboa" ( Single – 1980 ).

Com novo trabalho de longa duração preparado para entrar em estúdio, problemas na editora não permitiram a sua edição.

Em 1984/85 é convidado pelo realizador Artur Ramos para escrever e compor cinco temas para o filme "A Noite e a Madrugada", inspirado no romance de Fernando Namora com o mesmo título.( Filme também editado em vídeo )

Participou numa curta metragem de Augusto Cabrita sobre o rio Tejo. Também Interpretou uma curta metragem para televisão, inspirada no tema "O Chefe" – do seu último disco – filmada na estação da C.P. de Alcantara.

Compõe e escreve para peças de teatro, nomeadamente nas peças "Felizmente há Luar" de Stau Monteiro, com poemas de Joaquim Pessoa, levada à cena pelo TEB –Teatro Ensaio do Barreiro, em estreia nacional; " Zé Pimpão e os sapatos feitos à mão ", de António Ferra, professor, representada nas escolas e na Televisão.

Ainda para a Televisão, com música de "João Pimentel" e de ambos, participou como actor-cantor nas peças de Couto Viana "O Relógio Mágico" e " Era uma vez um Dragão", encenadas pelo Actor Mário Pereira.

Mais recentemente, em l998/99, participou como actor-cantor na peça " Jeremias", de autoria de Luís Vicente, sobre textos de Apuleio, Luciano, Brook, e do próprio actor; com encenação de José Mora Ramos e estreia no Fórum Municipal do Seixal. Seguiu-se tournée nacional, incluindo Açores.

Independentemente de a sua produção discográfica não se verificar com a regularidade pretendida ( tal foi resultante de opção pessoal ) nunca pararam os espectáculos e as intervenções, um pouco por todo o lado, embora à margem dos "media" dominantes.

Desenvolve o espectáculo e projecto discográfico "Cantes d’ além Tejo", apresentado nos últimos dias da Expo98, e o Recital de Canto e Guitarra – com João Pimentel – designado por "Cantos da Memória ". Depois o projecto "Em Cantos de Abril". Em projecto :"Primavera a Sul", canções de amor e luta – vivências; segue-se "Alentejo, minh’ afeição", música tradicional cantada por solistas populares alentejanos e"Não deixes de me encantar", temas de amor que poetas amigos convidados guardavam " na gaveta".

Ao longo deste percurso acompanharam Francisco Naia músicos e amigos, com destaque para : Fernando Alvim, Pedro Caldeira Cabral, António Chainho, Rui Cardoso, Tó Pinheiro da Silva, Zé Poppy, Zé Eduardo, Batata ,Velhinho, Gilda, João Carlos, Bartolomeu Dutra , Márinho, Luís Macedo, Rui Paes, Firmino, Jaiminho, Carlos Vargas, Pedro Osório, Jorge Palma, Ed Paes Mamede e os Grupo à Moda Popular, Grupos Açoreano Tanchão e Off Y Sina da música, Paula Goulart, Minela, Rui Curto, João Penedo, Mário Gramaço, Quiné, João Balão, Ceciliu Isfan, Jorge Carreiro, José Carita, Ricardo Fonseca, Gil Pereira, Nuno Faria.

Nos mais recentes trabalhos, nomeadamente no disco "Cantes d’além Tejo" e no espectáculo com o mesmo nome, participam, para além do cantor, João Pimentel (compositor e guitarra acústica) ; Rui Curto ( acordeão ) ; João Penedo ( contrabaixo ) ; Mário Gramaço ( Saxofone, flauta e clarinete ), Quine (percussões)

Entre 1997 e 2003 destacam-se os seguintes auditórios, onde o grupo realizou espectáculos: Teatro Municipal de Almada; Incrível Almadense; Fórum do Seixal, Cine-Teatro Luísa Todi/ Setúbal Teatro S. Luís ; Auditório SPGL; Centro Cultural de Belém, Cine Oriental/Aljustrel ; Ginásio da Baixa da Banheira; Fórum Municipal de Alverca; Forum Municipal de Almada, Fórum Lisboa, Auditório Municipal de Portimão; Auditório Municipal de Lagoa; Auditório Municipal de Vila Real de Santo António; Auditório Municipal de Castro Verde, Sociedade Capricho Moitense/Moita, Teatro Circo/Braga; S.F.U.A.P e Piedense , na Cova da Piedade; Casa do Alentejo; Clube Estefãnia; Teatro Lethes, Faro; Teatro Pax Júlia, Beja: Festa do Avante, Auditórios de várias Bibliotecas Municipais; Auditórios Municipais diversos e outros.

Participou em diversos espectáculos na EXPO 98 – Barco Palco/Jardim Garcia de Orta com Cantes d’além Tejo –" Francisco Naia. Antologia de canções ligadas ao Rio Tejo e ao Alentejo". Último Espectáculo da Expo 98, em pleno rio .

Actualmente tem vindo a apresentar os seus espectáculos "Canções que Fizeram Abril"; Colóquio –Recital sobre o Canto de intervenção 60/74 – Cantores de Abril ; "Cantes D’além Tejo"; Cantai, Cantai; Cantos da Memória ( canto e guitarra) em diversos Auditórios, Auditórios Municipais , de Juntas de Freguesia. de Bibliotecas, Escolas Secundárias , colectividades, Associações, Galerias e Espaços Públicos, etc. Também tem participado em espectáculos de carácter colectivo com Manuel Freire, Francisco Fanhais e José Fanha, Julian del Valle e outros.

Tem referências nas obras Música Popular Portuguesa – um ponto de partida, de Mário Correia, ed. Centelha - mc/mundo da canção, 1984; Canto de Intervenção 1960/1974, de Eduardo M. Raposo, ed. Biblioteca Museu da República e da Resistência, 1999; Cantores de Abril – entrevistas a cantores e outros protagonistas do Canto de Intervenção, de Eduardo M. Raposo, ed. Colibri, 2000, Música Popular Portuguesa no Século XX, Edição Circulo dos Leitores ( no prelo).

Foi sócio fundador da Associação José Afonso; da Associação Alma Alentejana, em Almada e do CEDA- Centro de Estudos documentais do Alentejo, Alcácer do Sal.

Em Março de 2004 participou no duplo CD, Manhã Clara, editado pela Universal, sob organização e direcção de produção de Manuel Faria.